Naftalifonden kom till år 2002 efter att Nils och Anna-Lisa Bertlin beslöt stödja svägerskan Ruth Bertlin i produktionen av BEAB-Barnens Egen Arbetsbibel. Syftet var att gratis kunna distribuera materialet till samtliga svenskspråkiga lågstadieskolor i Finland och på Åland. BEAB innehåller en lektion från varje bok av bibelns 66 böcker (GT+NT) och gavs ut i pdf-format samlat i en CD-ROM. Bergö lågstadieskola medverkade i produktionen av det sångmaterial som medföljer lektionerna. Materialet skickades också på religionslärares egen begäran till ett 60-tal skolor i Sverige. Idag finns BEAB-Barnens Egen Arbetsbibel fritt tillgängligt på nätet under länken BEAB
I den fortsatta dialogen med sponsorerna har Naftalifonden senare styrt bidrag till bl a Gravgårdsföreningen Ro och Byagården i Oxkangar, operation och stöd till behovsanpassad protes i Afrika, stöd till nyfinländare, God Jul insamlingar i Vasa m.m.
Naftalifonden verkade fram till 2019 som en underavdelning till föreningen MissionsCentret rf i Malax (senare Vasa). Under sensommaren och hösten 2019 utarbetades ett förslag att Naftalifonden frigörs från föreningsverksamheten och bildar en fristående stiftelse för det fortsatta arbetet. Beslutet godkändes av berörda parter och ansökan skickades in till Patent- och registerstyrelsen för godkännande. Naftalifonden sr registrerades hos myndigheterna 22.11.2019 med organisationsnumret 3098484-8.